Sejarah awal adanya instansi pengawasan dalam bidang pendidikan di Indonesia berhubungan erat dengan pembentukan Republik Ini. Saat Indonesia merdeka, Founding Fathers mendirikan berbagai kementerian, termasuk Kementerian Pendidikan dan Pengajaran sebagai bagian integral dari pemerintahan nasional. Mereka menyadari pentingnya pengawasan dalam tugas pemerintahan.

Di Kementerian Pendidikan dan Pengajaran, unsur pengawasan dianggap penting sebagai bagian dari fungsi manajemen bersama perencanaan dan pelaksanaan pendidikan. Pengawasan pendidikan menjadi bagian tak terpisahkan dalam upaya meningkatkan kecerdasan bangsa sesuai dengan UUD 1945. Pengawasan pendidikan dimulai dengan inspeksi pada tahun 1948. Inspeksi tersebut bertujuan untuk memantau teknis pendidikan dan kebudayaan di tingkat pusat.

Pada tahun 1949, lembaga Inspeksi Daerah mulai dibentuk. Pembentukan lembaga Inspeksi Taman Kanak-kanak/Sekolah Rakyat di kabupaten dan Inspeksi Taman Kanak-kanak/Sekolah Dasar di kecamatan terjadi pada tahun yang sama. Di tingkat pusat dan provinsi, terbentuk lembaga Inspeksi Sekolah Menengah Pertama, Inspeksi Sekolah Menengah Atas, Inspeksi Pendidikan Kejuruan, Inspeksi Pendidikan Jasmani, dan Inspeksi Kebudayaan. Pada tahun 1966, Inspeksi Pusat berubah menjadi Direktorat, sementara di provinsi terbentuk Kantor Daerah.

Pada tahun 1968, istilah pengawasan dan pemeriksaan mulai dikenal melalui akronim WASRIK. Gaya pengawasan dan pemeriksaan di Indonesia sangat dipengaruhi oleh pengalaman dalam pemerintahan kolonial Belanda, di mana para Inspecteur melakukan pemeriksaan. Istilah ini kemudian diindonesiakan menjadi Inspektur. Awalnya, Inspektur banyak berperan di kepolisian, tetapi kemudian perannya diperluas menjadi Inspektur di semua bidang pemerintahan untuk melakukan pengendalian.

Pada saat itu, pengawasan dikelola oleh Bagian Pengawasan dan Pemeriksaan yang kemudian ditingkatkan menjadi Biro Pengawasan dan Pemeriksaan Administratif (BPPA) yang berada di bawah Sekretariat Jenderal Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Sebagai sebuah Biro, mandat pengawasannya terbatas pada wilayah Sekretariat Jenderal, tetapi tanggung jawabnya mencakup seluruh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Hal ini tidak ideal untuk melaksanakan tugas pengawasan Departemen secara efektif.

Menimbang beberapa hal, termasuk efektivitas dan efisiensi pengawasan bagi lingkup seluruh departemen, Inspektorat mendapatkan peningkatan status organisasi dari Biro di bawah Sekretariat Jenderal menjadi Inspektorat Jenderal pada tahun 1969, yang diresmikan oleh Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 37 tahun 1969 tanggal 27 Mei 1969. Dengan kenaikan status tersebut, Inspektorat Jenderal berada pada posisi yang setara dengan unit-unit utama (eselon I) Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Hal ini meningkatkan independensi Inspektorat Jenderal dan memperkuat peran mereka dalam pengawasan dan pemeriksaan di lingkungan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan secara menyeluruh.

Hingga kini, Inspektorat Jenderal Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi (Kemendikbudristek), aktif menjadi Aparat Pengawas Internal Pemerintah (APIP) di lingkungan kementerian beserta seluruh unit dan satuan kerja terkecilnya. Tidak hanya melakukan pengawasan untuk mendeteksi penyimpangan atau kesalahan, Itjen Kemendikbudristek juga melakukan konsultansi untuk menjamin kualitas organisasi, dan juga bertindak sebagai katalisator bagi seluruh unit organisasi di lingkup kementerian.